โคนัน เด็กหนุ่มที่เป็นนักเรียนนักศึกษาที่ไม่รู้อิโหน่อิเหน่เดินไปเจอผู้ชาย 3 คนที่กำลังทำการซื้อขายของบางอย่างที่คาดว่าจะผิดกฎหมายแล้วก็จริงอย่างที่โคนันคิดว่ากลุ่มชาย 3 คนได้ทำการชื้อขายแรกเปลี่ยนความรับระหว่างองค์กรโคนันได้เข้าไปถ่ายรูปไว้แต่ก็มีชายอีกหนึ่งคนเข้ามาด้านหลังแล้วก็จับตัวโคนัน หลังจากนั้นโคนันก็โดนซ้อมแล้วได้ถูกป้อนยาให้กิน 1 เม็ดซึ่งไม่รู้ว่าเป็นยาอะไร โคนันได้กินยาชนิดนี้เข้าไปซึ่งมันเป็นยาลบความทรงจำทั้งหมดที่องค์กรชายชุดดำนั้นได้สร้างขึ้นมา โคนันได้กินเข้าไปแล้วอาการของผลข้างเคียงก็คือจะทำให้ตัวเองนั้นเล็กลงแต่ความทรงจำเกี่ยวกับองค์กรนั้นยังอยู่ โคนันก็ได้ออกตามหาข้อมูลเกี่ยวกับชายชุดดำเพื่อที่จะให้ตนเองกับมามีสภาพร่างกายเหมือนเดิม